Les Centres Nationaux de Référence (CNR) sont des laboratoires experts dans la microbiologie des maladies infectieuses.

Ce sont des laboratoires localisés au sein d'établissements publics ou privés de santé, d'enseignement ou de recherche. Ils sont nommés pour 5 ans par le ministre chargé de la Santé sur proposition de Santé publique France (article L 1413-4 du code de la santé publique). La reconduction des Centres Nationaux de Référence est soumise à une évaluation faite par un Comité des CNR placé sous la responsabilité du Directeur général de Santé publique France (SpF). Leurs missions sont également définies par arrêté du Ministère en charge de la santé.

Le laboratoire de bactériologie du CHU de Lyon a été désigné CNR des Légionelles. Il est chargé, en liaison étroite avec Santé publique France (SpF), de contribuer au diagnostic et à la surveillance épidémiologique des infections humaines causées par Legionella.

En fonction de leur type d'activité les CNR ont des missions :

• d'expertise concernant la microbiologie ou la pathologie des agents infectieux : confirmation de l'identification et typage des souches adressées par les laboratoires d'analyses et de biologie médicale ; maintien, détention et diffusion des techniques de diagnostic, d'identification et de typage. Ceci comprenant constitution et entretien de collections de souches types, d'antigènes ou immun-sérums de référence, de marqueurs épidémiologiques.

• de contribution à la surveillance épidémiologique (surveillance de l'évolution et des caractéristiques des infections, résistance aux anti-infectieux, couverture immunitaire...). Les CNR participant à la surveillance d'une infection doivent au minimum répondre à des items bien définis par le cahier des charges défini dans l'arrêté du 29/06/2001. A cette fin, ils fournissent à leurs correspondants les fiches de renseignements épidémiologiques et cliniques relatifs à leur domaine d'intervention.

• d'alerte c'est-à-dire signalement de phénomènes anormaux à la Direction Générale de la Santé (DGS) et à Santé publique France (SpF) telles des épidémies, l'émergence ou la résurgence d'agents infectieux.

• de conseil auprès des pouvoirs publics (ministère en charge de la santé) et des professionnels de santé.

Plus particulièrement, le CNR des Légionelles a des missions d'expertise biologique, d'entretien d'une collection bactérienne et d'une sérothèque, et de contribution à la surveillance épidémiologique :

• confirmation de diagnostic ou diagnostic de première intention sur des sérums, urines ou prélèvements pathologiques,

• identification et typage moléculaire des souches d'origine clinique ou environnementale,

• amélioration du diagnostic des légionelloses par le développement et l'évaluation de nouvelles techniques de diagnostic et leur diffusion par le biais d'information et de formation,

• conseil et de formation des biologistes et techniciens sous forme de cycle de formation dans le cadre de bioformation,

• alerte auprès de Santé publique France (SpF) en signalant l'identification de souches présentant le même profil génomique

- Le CNR participe au réseau européen de surveillance des légionelloses (European Legionnaires' Disease Surveillance Network, ELDSNet) coordonné par l'European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC ): échange et comparaison de souches, travaux de recherche…

- le CNR est membre du groupe ESGLI (ESCMID Study Group for Legionella Infections).