Please wait...
/
https://clarolineconnect.univ-lyon1.fr/
/
/themes/lyon-1/bootstrap.css?v=3371d7f312bd1ffce4432176f54dff3a
en
It appears that you're using an unsupported web browser. To enjoy a pleasant and bug-free experience, please use a recent version of a major browser (http://browsehappy.com). Internet Explorer is supported from version 11.
Loading...
 
ÉLÉMENTS CLÉS DE L’ANNÉE 2020
 

Eléments clés en termes de production d’expertise

  • Malgré la diminution du nombre de cas de légionellose notifié (-27% par rapport à 2019), la demande d’expertise sur le diagnostic des cas par les laboratoires partenaires a été importante ;
  • Une souche est disponible pour 23,9% des cas de légionellose (317 isolats), pourcentage similaire aux années antérieures ; point important, le CNR a isolé 58,4% de ces souches ;
  • 100% des souches d’origine clinique ont été séquencées en 2020. Au total 555 souches (cliniques et environnementales) ont été typées par WGS ;
  • La décroissance de l’activité de sérologie au CNR se poursuit : -41,8% entre 2019 et 2020, et -78,5% en 5 ans suite à la sensibilisation des laboratoires sur les sérums devant nous être envoyés (confirmation de titre) ;
  • Augmentation lente mais effective du diagnostic par PCR en France ; promotion de la PCR auprès des laboratoires et cliniciens par le CNR qui réalise des diagnostics de première intention ou d’expertise ;
  • Veille sur l’antibiorésistance (175 déterminations de CMI ; recherche systématique de mutations cibles pour toutes les souches séquencées, n=555) ; aucune identification de résistance ;
  • Proposition à l’EUCAST des nouvelles recommandations pour la détermination de la sensibilité des souches de Legionella aux antibiotiques par microdilution ; recommandations parues en 2021 ;
  • Coordination par le CNR d’une étude européenne sur l’évaluation de 16 tests de détection des antigènes urinaires ; la première phase utilisant des urines surchargées avec des LPS extraits de souches bien caractérisées montrent de meilleures performances des tests utilisant des lecteurs optiques.

 

Eléments clés en termes de surveillance 

  • Plus de 232 partenaires sur tout le territoire Français ; forte interaction avec les Agences Régionales de Santé
  • La diminution du nombre de cas notifiés en 2020 dans le contexte de pandémie (-27% par rapport à 2019 en France) est rapportée dans la majorité des pays européens ;
  • Une investigation menée par le CNR auprès des six principaux fournisseurs de tests d’antigénurie suggère que le recours au diagnostic pour la légionellose n’a pas diminué en 2020 par rapport à 2019 car le nombre de tests diffusés a été plus important (+30%) ;
  • Nous avons décrit 7 cas de co-infections Legionella – SARS-Cov-2 en Mars 2020 : une incidence de co-infections a été évaluée entre 10% et 14% parmi les cas de légionellose notifiés avec date de début des signes en Mars 2020 ; le suivi de ces co-infections régulièrement rapportées s’est poursuivi en 2021 ;
  • Près de 7% des souches des patients sont des pneumophila sérogroupe non 1 ; cas diagnostiqués en première intention par PCR dont l’utilisation augmente ;
  • 555 souches ont été typées par WGS, dont 109 souches dans un contexte d’investigation de la source de contamination et 361 dans un contexte de surveillance ;
  • 79% des investigations microbiologiques par WGS se sont révélées positives ; les réseaux d’eau sanitaire étaient la source la plus probable de contamination ;
  • De façon constante, plus de 50% des isolats cliniques appartiennent à seulement 9 Sequence Type dont les ST23, ST1, ST62, ST259 et ST47 ; seules les données de cgMLST et les analyses phylogénétiques permettent de discriminer ces souches ;
  • Le WGS a permis d’identifier que 8% des isolats cliniques n’appartiennent pas à la sous-espèce Lp subspecies pneumophila; il s’agit des sous-espèces Lp subspecies raphaeli, Lp subspecies fraseri et à une potentielle nouvelle sous-espèce.