Eléments clés en termes de production d’expertise

• • Nombre de cas de légionellose notifiés en France (n=1897) relativement similaire à 2021 (-8%), avec une stabilité des demandes d’expertise sur le diagnostic des cas (PCR et typage) et des demandes d’investigations autour des cas
  • Une souche est disponible pour 27,9% des cas de légionellose (530 isolats), avec une tendance sensiblement à la hausse sur les 5 dernières années (+5% depuis 2018); point important, le CNR a isolé 339 souches, soit 2/3 des souches.
  • Le CNR a typé un nombre croissant de souches cliniques de pneumophila sérogroupe non 1 ou de Legionella non pneumophila (78 / 535 soit 15% en 2022 versus 67 / 564 soit 12% en 2021), témoins de l’implémentation croissante de méthodes diagnostiques multiplexes dans nos laboratoires partenaires et de l’envoi des échantillons au CNR
  • A noter que peu de kits PCR détectent l’ADN de L. non pneumophila; à considérer en cas de suspicion de légionellose avec un test de détection des antigènes urinaire et/ou une PCR pneumophila négatif 
  • Les cas liés à longbeachae sont de plus en plus diagnostiqués, bien que l’identification formelle de la source de contamination reste un enjeu pour le CNR.
  • La décroissance de l’activité de sérologie, technique de contribution diagnostique limitée, se poursuit : -83% en 5 ans suite à la sensibilisation des laboratoires sur les sérums devant nous être envoyés (confirmation de titre) ;
  • Le CNR a renforcé en 2022 sa veille sur l’antibiorésistance avec plus de 320 antibiogrammes par microdilution réalisés ; des mutations associées à la résistance sont systématiquement recherchées pour toutes les souches séquencées, et des souches environnementales résistantes aux macrolides ont été identifiées. Le CNR s’est doté de la technique Sensititre qui montre de bonnes performances et présente une facilité domicile d’utilisation par rapport à la technique « maison ».
  • Etude en cours pour la caractérisation de la distribution des CMI des principaux antibiotiques et des ECOFF pour pneumophila, en collaboration avec plusieurs CNR européens (Grant ESGLI, projet porté par le Royaume-Uni, B. Spiller)

Eléments clés en termes de surveillance 

• • Très forte interaction avec l’ensemble des Agences Régionales de Santé ;
  • L’intégralité des souches d’origine clinique et des souches environnementales adressées dans le cadre d’une investigation autour d’un cas (n=861) ont été séquencées en 2022.
  • 921 souches ont été typées par WGS, dont 367 souches dans un contexte d’investigation de la source de contamination et 554 dans un contexte de surveillance ;
  • 83% des investigations microbiologiques par WGS se sont révélées positives ; les réseaux d’eau sanitaire étaient la source la plus probable de contamination 
  • Les techniques de NGS, permettant la détermination des cgST et la phylogénie des clones majoritaires (ST1, 23, 40 et 62) disponibles au CNR sont un atout majeur pour la résolution des investigations.