ÉLÉMENTS CLÉS DE L’ANNÉE 2020

Eléments clés en termes de production d’expertise

Malgré la diminution du nombre de cas de légionellose notifié (-27% par rapport à 2019), la demande d’expertise sur le diagnostic des cas par les laboratoires partenaires a été importante ;
Une souche est disponible pour 23,9% des cas de légionellose (317 isolats), pourcentage similaire aux années antérieures ; point important, le CNR a isolé 58,4% de ces souches ;
100% des souches d’origine clinique ont été séquencées en 2020. Au total 555 souches (cliniques et environnementales) ont été typées par WGS ;
La décroissance de l’activité de sérologie au CNR se poursuit : -41,8% entre 2019 et 2020, et -78,5% en 5 ans suite à la sensibilisation des laboratoires sur les sérums devant nous être envoyés (confirmation de titre) ;
Augmentation lente mais effective du diagnostic par PCR en France ; promotion de la PCR auprès des laboratoires et cliniciens par le CNR qui réalise des diagnostics de première intention ou d’expertise ;
Veille sur l’antibiorésistance (175 déterminations de CMI ; recherche systématique de mutations cibles pour toutes les souches séquencées, n=555) ; aucune identification de résistance ;
Proposition à l’EUCAST des nouvelles recommandations pour la détermination de la sensibilité des souches de Legionella aux antibiotiques par microdilution ; recommandations parues en 2021 ;
Coordination par le CNR d’une étude européenne sur l’évaluation de 16 tests de détection des antigènes urinaires ; la première phase utilisant des urines surchargées avec des LPS extraits de souches bien caractérisées montrent de meilleures performances des tests utilisant des lecteurs optiques.

Eléments clés en termes de surveillance

Plus de 232 partenaires sur tout le territoire Français ; forte interaction avec les Agences Régionales de Santé
La diminution du nombre de cas notifiés en 2020 dans le contexte de pandémie (-27% par rapport à 2019 en France) est rapportée dans la majorité des pays européens ;
Une investigation menée par le CNR auprès des six principaux fournisseurs de tests d’antigénurie suggère que le recours au diagnostic pour la légionellose n’a pas diminué en 2020 par rapport à 2019 car le nombre de tests diffusés a été plus important (+30%) ;
Nous avons décrit 7 cas de co-infections Legionella – SARS-Cov-2 en Mars 2020 : une incidence de co-infections a été évaluée entre 10% et 14% parmi les cas de légionellose notifiés avec date de début des signes en Mars 2020 ; le suivi de ces co-infections régulièrement rapportées s’est poursuivi en 2021 ;
Près de 7% des souches des patients sont des pneumophila sérogroupe non 1 ; cas diagnostiqués en première intention par PCR dont l’utilisation augmente ;
555 souches ont été typées par WGS, dont 109 souches dans un contexte d’investigation de la source de contamination et 361 dans un contexte de surveillance ;
79% des investigations microbiologiques par WGS se sont révélées positives ; les réseaux d’eau sanitaire étaient la source la plus probable de contamination ;
De façon constante, plus de 50% des isolats cliniques appartiennent à seulement 9 Sequence Type dont les ST23, ST1, ST62, ST259 et ST47 ; seules les données de cgMLST et les analyses phylogénétiques permettent de discriminer ces souches ;
Le WGS a permis d’identifier que 8% des isolats cliniques n’appartiennent pas à la sous-espèce Lp subspecies pneumophila; il s’agit des sous-espèces Lp subspecies raphaeli, Lp subspecies fraseri et à une potentielle nouvelle sous-espèce.