Recherche du lien de clonalité
 
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Fiche d'envoi des souches environnementales

Fiche d'information

3 méthodes de typage appliquées à la classification épidémiologique des légionelles sont réalisées sur les souches Legionella pneumophila sérogroupe 1 :

1- Un typage phénotypique réalisé à l'aide d'anticorps monoclonaux par une technique d'immunofluorescence présente un faible pouvoir discriminant, car il regroupe l'ensemble des souches Legionella pneumophila

sérogroupe 1 en 9 sous-groupes. L'utilisation de ce marqueur a comme intérêt principal d'augmenter le pouvoir discriminant des deux autres marqueurs moléculaires utilisés lorsqu'il leur est associé.

2- Le "Sequence Based Typing" (SBT) est la méthode de référence Européenne, correspondant à une amplification et à un séquençage de 7 gènes ; cette méthode présente un pouvoir discriminant de 96 %. 

3- L'analyse des profils de macrorestriction de l'ADN total par électrophorèse en champ pulsé (pulsed-field gel electrophoresis ou PFGE) présente un fort pouvoir discriminant (supérieur à 98%) pour typer des souches Legionella pneumophila sérogroupe 1. Les inconvénients majeurs de cette méthode sont que cette technique est longue (nécessité de 4 jours consécutifs) et que l'interprétation est basée sur la lecture de profils (obtenus après migration électrophorétique) qui ne sont pas comparables d'un laboratoire à l'autre. Les grands avantages de cette méthodologie consistent en son très fort pouvoir discriminant (supérieur à la technique SBT). Par ailleurs, cette technique étant utilisée depuis longtemps, le CNR a constitué une base de données de plus 9000 profils de Legionella dont plus de 4000 profils de Legionella pneumophila sérogroupe 1 d'origine clinique depuis 1996.

 

Interprétation des données de typages épidémiologiques microbiologiques

La technique de référence utilisée par le CNR est le PFGE du fait d'un très fort pouvoir discriminant pour typer les souches Legionella pneumophila sérogroupe 1. Cependant, l'identité des souches n'est pas suffisante pour établir une relation épidémiologique (la relation causale ne vaut qu’en cas de comparaison clinique/environnementale). Ceci est lié :

(i) au pouvoir discriminant de la technique (entre 98% et 100%),

(ii) à l'existence de souches endémiques de Legionella pneumophila sérogroupe 1. Glossaire des souches endémiques.

Une information sur l'épidémiologie clinique (activités du patient) est donc indispensable pour l'interprétation des données de typage microbiologique.

L'utilisation complémentaire des 3 méthodes permet dans quelques circonstances d'augmenter le pouvoir discriminant global des méthodes et de faciliter l'interprétation des résultats.

 

Méthode appliquée sur prélèvement

La technique de SBT peut être appliquée directement sur prélèvement clinique en s'affranchissant de l'isolement de souches. Cette méthode doit être privilégiée secondairement à la mise en culture du prélèvement et après échec de celle-ci.

Les prélèvements pulmonaires peuvent être adressés au CNR pour la réalisation de cette analyse.